矮化自根砧苗木的优势有：整齐度、高早果丰产、须根多，根系发达等等。矮化自根砧苗木的整齐度高，苹果矮化自根砧苗木的砧木利用无性繁殖，因而有株间的遗传差异小、苗木的一致性高、建园整齐度高、果个均匀一致的特征。而矮化中间砧苗木在基砧为实生砧时，果园的整齐度较差，且同一型号矮化砧的矮化效应和一致性的表现比其作为自根砧时要差一些。

矮化自根砧苗木早果丰产，苹果矮化自根砧苗木与矮化中间砧和短枝形苗木相比除在早果丰产上有相似之处外，突出的表现是主干生长势强，产量高，着色好，糖度高，果个均匀。据生产实践中调查显示，苹果矮化自根砧苗木主干生长势强，特别适合于纺锤形整形；果园容易管理，可获得较高的经济效益。当然，苹果矮化自根砧苗木密植栽培所获得的优质高产稳产与其需要较高的肥水条件关系很大。

须根多，根系发达，用作自根苗砧木的种质，其茎段或根系属茎源根或分蘖根，再生能力较强，没有明显的主根，须根发达。据调查，一年生圆叶海棠扦插苗，每株平均20厘米以上的须根达12个，M26、M7压条分株苗分别为11个、9个，根系是同龄实生砧苗的2倍。