木瓜适应性强，嫁接后的木瓜树，中干比较直立，稍加修剪后即可整成杯状形、圆柱形或细长纺锤形，一般以细长纺锤形为主。一般木瓜树高2.1～2.3米，冠径1.2～1.8米，干高0.5～0.6米，主干上着生8～12个交错排列的主枝，相邻主枝间距20～30厘米，每个主枝上着生1～3个结果枝组。主枝宜缓放，以促生中短枝。

修剪主要以疏为主，生长季节注意剪除中干竞争枝、冠内直立徒长枝、过密枝、细弱枝、病虫枝等。缺枝部位可留1～2芽重短截，剪后喷施护树大将军消毒伤口或者涂抹愈伤防腐膜促进伤口快速愈合。